Als Microsoft mit Windows NT erstmals das NTFS-Dateisystem vorstellte, weckte der Softwarehersteller in vielen Administratoren und Anwendern die Hoffnung, nun ein Dateisystem zu besitzen, das alle Probleme des bekannten FAT-Filesystems vergessen lassen würde. Obwohl sich diese Hoffnung für die Bereiche Sicherheit, Zuverlässigkeit und Schnelligkeit zu einem gewissen Grad erfüllt haben, blieb ein Problem auch bei diesem modernen Dateisystem ganz entgegen den ersten Ankündigungen von Microsoft bestehen: die Fragmentierung. Dieses „Zerreißen“ der Dateien in einzelne kleinere Teile tritt eigentlich nur bei einer „jungfräulichen“ also frisch formatierten Festplatte oder einer Platte, die noch nicht sehr voll ist, überhaupt nicht auf. Bei fast allen anderen Speicheroperationen werden besonders große Dateien mehr oder minder „verstreut“ auf der Festplatte angelegt. Ein Grund für die Abspeicherung der Daten in Bruchstücken ist darin zu suchen, dass die meisten Dateien auf einer Festplatte selten eine feste Größe haben, sondern häufig verändert werden. Sie werden vergrößert, verkleinert, mit anderen Dateien zusammengeschlossen oder gar ganz gelöscht. Wie jedes andere Betriebssystem ist auch Windows bestrebt, die Dateien allein aus Performancegründen so wenig wie möglich auf der Festplatte zu bewegen. Das bedeutet dann auch, dass der erste physikalische Speicherort einer Datei so lange wie möglich beibehalten wird. So kann es also häufig passieren, dass bei einer Vergrößerung einer bestimmten Datei an ihrem eigentlichen Speicherort für die zusätzlichen Daten kein Platz mehr ist, sodass Windows gezwungen ist, diese Daten an einem anderen Platz auf der Platte zu lagern. So verteilen sich im Lauf der Zeit nicht nur die Daten, sondern auch die noch freien Plätze auf der Festplatte in einer Art Flickenmuster auf der Festplatte.