Mit dem Biztalk-Server 2004 verfolgt Microsoft verstärkt das Ziel, die Zusammenführung der in den Unternehmen meist heterogen gewachsenen Strukturen von Anwendungen zu vereinfachen. Dadurch will man mögliche Qualitätsverluste bei den Unternehmensprozessen und in der Kommunikation mit Geschäftspartnern vermeiden helfen. Die Einbindung in die vorhandenen Umgebungen ist jedoch nicht immer trivial.

Die meisten Unternehmen arbeiten mit mehreren Systemen, Anwendungen und Datenbanken, wobei die einzelnen Anwendungen auf unterschiedliche Plattformen als Basis zugreifen. An dieser Stelle setzt der Biztalk-Server 2004 an: Er wirkt als Bindeglied, mit dem eigenständige Anwendungen die Informationen austauschen und automatisiert zusammen arbeiten können. Mit Hilfe des vollständig auf .NET Framework entwickelten Systems soll eine einheitliche IT-Umgebung geschaffen werden, in der sich Daten und Anwendungen über verschiedene Plattformen hinweg verknüpfen lassen. Diese Fähigkeiten beschränken sich nicht ausschließlich auf die Systeme innerhalb eines Unternehmens (Enterprise Application Integration) sondern erstrecken sich auch unternehmensübergreifend auf die Systeme der Partner (Business-to-Business-Integration). Der Biztalk-Server enthält dazu grundlegende Funktionalitäten zur Einbindung beliebiger Systeme, um diese Aufgaben erfüllen zu können.